هدف کلی در مقطع ابتدایی، رسیدن دانشآموزان به سطح خیرگزینی است. خیرگزینی یعنی برگزیدن بهترین حالت از بین چند گزینه بر اساس معیارهای الهی؛ و آنگاه عمل به گزینه انتخاب شده. برای رسیدن به سطح خیرگزینی میتوان سه مرحله در نظر گرفت. مرحله اول: تفصیل دادن، یعنی در نظر گرفتن منظرها یا حالتهای مختلف برای یک چیز. مرحله دوم: ترجیح بهترین حالت با رجوع به معیارهای حقیقی مناسب. و مرحله سوم: میل و رغبت و اراده برای انجام حالت ترجیح داده شده و عملی کردن آن. این سه مرحله در همه پایهها پیگیری میشوند، اما تمرکز روی هر مرحله، به ترتیب در پایههای اول تا ششم تغییر میکند. در پایههای اول تا سوم، تمرکز روی مرحله اول و فعال کردن تفصیل در دانشآموزان است. محور آموزش در پایه دوم، فعال کردن توان جداسازی و فهم تمایز بین خوب و بد است. و این یعنی تفصیل در دانشآموزان این پایه به واسطه به دست آوردن توان جداسازی و فهم تمایزها فعال میشود. در این راستا لازم است دانشآموزان پایه دوم با تجربههای عینی و به برکت سورههای قرآن، بتوانند خوب و بد را بشناسند و از هم جدا کنند و در واقع، خوب و بد برایشان متمایز باشد. در این پایه، 40 درصد از زمان کلاس مستقیماً به سورهها و بیان مطالب آنها اختصاص دارد و 60 درصد دیگر، صرف بازی و فعالیتهای مرتبط با سورهها در فضایی شاد و با نشاط میشود.
کتاب «جداسازی»، جلد دوم از مجموعه شش جلدی فهم قرآن دبستان است که با هدف «آموزش قرآن همراه با آموزش انواع تمایز خوب و بد» در اختیار معلم پایه دوم قرار میگیرد. در بخش فاتحه این کتاب، مختصری از ویژگیهای دوره دوم رشد ـ که تقریباً با سن دانشآموزان دبستانی منطبق است ـ و خصوصیات بچهها در این دوره سنی بیان میشود و پس از ارائه دو جدول که هدف تربیتی و سورههای ارائه شده در هریک از پایههای دبستان را نشان میدهد، اهداف تربیتی پایه دوم دبستان برای معلم محترم توضیح داده میشود. در این کتاب، 8 سوره برای طول سال تحصیلی و یک سوره برای تابستان در نظر گرفته شده است. این سورهها با سوره قریش و سپس سوره فیل ـ که دانشآموزان در قالب فعالیت تابستانی با آنها آشنا شدهاند ـ شروع میشود و تا سوره زلزال ادامه پیدا میکند. هر فصل کتاب به یکی از این سورهها اختصاص یافته که در قالب آن علاوه بر بیان چگونگی ارائه آن سوره برای دانشآموزان، معلم محترم را نیز تا حدودی با نکات تفسیری سوره مبارکه آشنا میکند. ضمناً نمونههایی از چگونگی تدریس سوره در کلاس و نمونههایی از انواع فعالیت کلاسی متناسب با تدریس سوره را ارائه میدهد. فصل آخر به طراحی فعالیت تابستانی بر اساس سوره مبارکه قدر اختصاص یافته است.